Za datę powstania Urzędu Morskiego w Szczecinie należy uznać 24 września 1946 roku, kiedy to Minister Żeglugi i Handlu Zagranicznego dokonał nominacji pierwszego dyrektora Urzędu – kpt. ż. w. Jana Godeckiego, pełniącego wcześniej obowiązki Kapitana Portu w Gdyni. Rozporządzenie ministra utworzyło nowy, samodzielny organ terenowej administracji morskiej na Pomorzu Zachodnim, w miejsce, działającej do tego momentu w Szczecinie, Delegatury Głównego Urzędu Morskiego w Gdańsku, powołanej po okresie wojennym, w celu sporządzenia raportu na temat stanu urządzeń portowych i taboru pływającego. Od września 1946 roku zaczęły się zapisywać karty historii Urzędu Morskiego w Szczecinie. Już w rok później, 5 września 1947 roku, w życie wszedł Dekret o organizacji i zakresie działania polskiej administracji morskiej. Urząd Morski w Szczecinie przejął pieczę nad portami i morskim pasem przybrzeżnym w granicach ówczesnego województwa szczecińskiego, organizując m. in. przeładunki portowe oraz remonty i inwestycje w portach. W 1948 roku została przyjęta nazwa Szczeciński Urząd Morski (do swej pierwotnej, i aktualnej także dziś nazwy, Urząd Morski w Szczecinie powrócił 1 sierpnia 1975 roku). W tymże roku SUM wydobył 135 wraków statków i urządzeń zalegających w wodach morskich oraz przeładował w porcie Szczecin 3.139 tys. ton towarów. Okres wczesnych lat pięćdziesiątych to czas wytężonej pracy na rzecz odbudowy portów i usuwania zniszczeń wojennych. Rozpoczęto także pomiary batymetrii toru wodnego i prace pogłębiarskie, by w roku 1957 uzyskać głębokość 12 m na torze podejściowym do Świnoujścia, a 9,6 m - na torze Świnoujście - Szczecin. W roku 1960 rozpoczęto prace nad dalszą stopniową poprawą parametrów torów wodnych, czego końcowym efektem było osiągnięcie w roku 1984 głębokości co najmniej 10,5 m i szerokości w dnie 90 m na całej długości toru wodnego Świnoujście - Szczecin. Takie parametry posiada ten tor do dzisiaj.
W 1960 roku Komisja Egzaminacyjna przy Szczecińskim Urzędzie Morskim przeprowadziła pierwszy egzamin na stopień kapitana żeglugi wielkiej. Pierwszym jej przewodniczącym został kpt. ż. w. Konstanty Maciejewicz, postać dla szczecinian już legendarna. Lata sześćdziesiąte ubiegłego stulecia upłynęły pod znakiem prac związanych z zabezpieczaniem brzegu morskiego m.in. w Dziwnowie i w Międzywodziu oraz uruchomienia latarni morskiej „Kikut”. W 1969 roku odbyło się uroczyste otwarcie Północnego Toru Wodnego do Świnoujścia dla statków o zanurzeniu 36 stóp (10,97 m). W czasie ceremonii przed budynkiem Kapitanatu Portu w Świnoujściu odsłonięto pamiątkową tablicę, umieszczoną na głazie wydobytym z dna toru wodnego. W latach siedemdziesiątych powołane zostało Kolegium Dyrektorów Urzędów Morskich, które stało się organem koordynującym i ujednolicającym zasady działania wszystkich urzędów morskich (dzisiejsza Rada Koordynacyjna DUM i SAR). W związku z włączeniem do zadań Urzędu spraw oznakowania nawigacyjnego na zachód od południka 16º 30’ 00’’ E do zachodniej granicy państwa, w roku 1982 w strukturze Urzędu utworzony został pion oznakowania nawigacyjnego. W 1986 roku przystąpiono do trałowania Zatoki Pomorskiej, w ramach prac przygotowawczych do wyznaczenia redy dla portów Świnoujścia i Szczecina. W 1989 roku rządy PRL i NRD podpisały umowę w sprawie rozgraniczenia obszarów morskich na Zatoce Pomorskiej, co było możliwe dzięki m.in. długotrwałym staraniom kadry szczecińskiego Urzędu.
W roku 1991 z zakresu działania Urzędu wyłączono sprawy oznakowania nawigacyjnego i hydrografii, które przejęło nowe Biuro Hydrograficzne RP. W roku 1995 Biuro to zostało zlikwidowane, a hydrografia i oznakowanie nawigacyjne powróciły do zadań Urzędu. Lata dziewięćdziesiąte to dla Urzędu początek ery elektronicznych systemów kontroli bezpieczeństwa żeglugi. W marcu 1992 roku uruchomiona została łączność komputerowa z Centrum Komputerowym Memorandum Paryskiego w St. Malo, we Francji, w roku 1994 zaś rozpoczęte zostały prace nad wdrożeniem elektronicznego systemu zarządzania ruchem statków (VTS). System ten został oddany do użytku w 2000 roku.
Początek dwudziestego pierwszego wieku to czas rozpoczęcia przez Urząd wielu znaczących inwestycji, w tym również takich, które stały się możliwe dzięki wejściu Polski do Unii Europejskiej. Są to przede wszystkim inwestycje związane z modernizacją infrastruktury dostępowej do portów. W roku 2000, korzystając z pożyczki Banku Światowego, Urząd rozpoczął prace modernizacyjne zmierzające do uzyskania na torze wodnym Świnoujście - Szczecin docelowej głębokości 12,5 m. Do roku 2004 wybudowano nowe falochrony na wejściu kanału Piastowskiego w Zalew Szczeciński i zmodernizowano ok. 3-kilometrowy odcinek umocnień brzegowych tego kanału. W latach 2013 – 2015 zostały przebudowane umocnienia brzegowe pozostałej części kanału Piastowskiego oraz kanału Mielińskiego. Jednocześnie sukcesywnie modernizowano oznakowanie nawigacyjne, remontując istniejące budowle i modernizując systemy oznakowania nawigacyjnego, z zastosowaniem nowoczesnej elektroniki. Wyremontowano też gruntownie latarnię morską w Świnoujściu.
W latach 2010 – 2014 Urząd Morski w Szczecinie wybudował infrastrukturę zapewniającą dostęp do nowego portu zewnętrznego w Świnoujściu, który powstał w związku z budową terminalu regazyfikacyjnego skroplonego gazu ziemnego (LNG). Budowa terminalu LNG i portu zewnętrznego w Świnoujściu została uznana przez rząd RP za inwestycję strategiczną dla bezpieczeństwa energetycznego Polski. Wybudowano nowy falochron o długości ok. 3 km, zamykający akwen portu od strony wschodniej, ostrogę o długości ok. 255 m przy falochronie centralnym (dawniej wschodnim), tor podejściowy do portu o głębokości technicznej 14,5 m oraz obrotnicę dla statków. Tor podejściowy do Świnoujścia na odcinku do portu zewnętrznego został poszerzony do 200 m i pogłębiony do 14,5 m, a przed wejściem do portu posadowiono dwa nowe stałe znaki nawigacyjne. Inwestycja Urzędu została zrealizowana z budżetu państwa, a jej wartość to prawie miliard złotych.
Przez 70 lat istnienia Urzędu najwyższe stanowisko kierownicze pełniło 15 dyrektorów (z czego trzech pełniło tę funkcję dwukrotnie). Pierwszy adres Urzędu Morskiego w Szczecinie to Wały Chrobrego 1, obecna siedziba szczecińskiej Akademii Morskiej. 9 listopada 1963 roku Urząd „przeprowadził się” do budynku dziewiętnastowiecznego Czerwonego Ratusza, przy placu Stefana Batorego 4, by pozostać w nim po dziś dzień.
Obecnie terytorialny zasięg działania Urzędu Morskiego w Szczecinie obejmuje morskie wody wewnętrzne, morze terytorialne, wyłączną strefę ekonomiczną oraz pas wybrzeża, morskie porty i przystanie, położone od zachodniej granicy państwa do południka 15°23'24" długości geograficznej wschodniej. Do Urzędu należą sprawy: nadzoru nad bezpieczeństwem żeglugi morskiej, ochrony portów morskich i żeglugi morskiej, korzystania z dróg morskich oraz portów i przystani morskich, bezpieczeństwa związanego z badaniami, rozpoznawaniem i eksploatacją zasobów mineralnych dna morskiego, ochrony środowiska morskiego przed zanieczyszczeniem wskutek korzystania z morza oraz przez zatapianie odpadów i innych substancji, nadzoru nad akcjami ratowania życia na morzu, prowadzenia prac podwodnych i wydobywania mienia z morza, nadzoru przeciwpożarowego w polskich obszarach morskich oraz morskich portach i przystaniach, wydawania dokumentów kwalifikacyjnych dla członków załóg statków morskich, uzgadniania decyzji w sprawie wydawania pozwoleń wodnoprawnych i pozwoleń budowlanych na obszarze pasa technicznego, morskich portów i przystani, morskich wód wewnętrznych i morza terytorialnego, jak również wszelkich innych decyzji dotyczących zagospodarowania tego pasa, budowy, utrzymywania i ochrony umocnień brzegowych, wydm i zalesień ochronnych w pasie technicznym, wyznaczania dróg morskich, kotwicowisk i badania warunków ich żeglowności, oznakowania nawigacyjnego dróg morskich i kotwicowisk w portach i przystaniach morskich oraz na wybrzeżu, wydawania oraz uzgadniania decyzji wynikających z przepisów ustawy o portowych urządzeniach do odbioru odpadów i pozostałości ładunkowych ze statków, sporządzania planów zagospodarowania przestrzennego morskich wód wewnętrznych, morza terytorialnego i wyłącznej strefy ekonomicznej, wykonywania kontroli wprowadzonych do obrotu wyrobów wyposażenia morskiego oraz rekreacyjnych jednostek pływających, nadawania nazw statkom morskim, organizacji pilotażu morskiego, budowy i utrzymywania obiektów infrastruktury zapewniającej dostęp do portów i przystani morskich, zarządzania portami niemającymi podstawowego znaczenia dla gospodarki narodowej i przystaniami morskimi, w których nie powołano podmiotu zarządzającego, monitorowania i informowania o ruchu statków, ewidencji ładunków i pasażerów, wykonywania zadań w dziedzinie ochrony przed powodzią, kontroli paliwa u dostawców paliwa dostarczanego na statki, ochrony i ewidencji zabytków podwodnych, znajdujących się na polskich obszarach morskich, należących do właściwości terytorialnej Dyrektora Urzędu Morskiego w Szczecinie.
